Está distribuida en tres naves, la central es más ancha que las laterales y presenta una cubierta de madera con lunetos está policromada con temática relativa a la Virgen como Inmaculada, esta policromía consta de jeroglíficos dispuestos del lado de la epístola y del lado del evangelio leyendas alusivas a él o bien en latín o con tercetos en castellano.
Tiene nave de crucero, camarín, sacristía,. coro a los pies. Una reja para cada una de las naves que no estorba la visión divide en dos el interior.
En cuanto a los retablos: los retablos laterales dedicados el de la derecha a San Luis de Gonzaga el de la izquierda con tres imágenes San Mateo, San Roque y Santa Bárbara. En los testeros de la nave de crucero, el de la derecha dedicado a San Antonio de Padua y remata este con San Juan Bautista, el de la izquierda dedicado a la Virgen del Rosario y remata con la imagen del arcángel San Miguel venciendo al demonio. En los retablos frontales el de la derecha urna de cristal que alberga un Cristo yacente que es articulado, en la central se exponen, la imagen de la Virgen Dolorosa y San Juan y culmina con San Francisco Javier; el de la izquierda en la hornacina se sitúa la imagen de la Virgen Inmaculada y culmina con Santa Teresa con la visión del Padre-Dios.
En cuanto al retablo mayor es obra de Jerónimo Camporredondo en la parte inferior del retablo hay tres imágenes San Joaquín, San José con el niño y Santa Ana; en la parte superior en relieve está el pelícano eucarístico y en la hornacina se expone la imagen de la Virgen de las Ermitas con el niño, se asienta sobre una peana forrada con placas de plata en la que hay cinceladas mariologías cuelgan sobre ella corazones de plata que son ofrendas de fieles. La imagen lleva enlazados rosarios, Presenta la media luna a los pies, está coronada, se representa como reina de los ángeles lleva dos ángeles a ambos lados de ella y una aureola solar con rayos y estrellas, culmina este retablo mayor con el tema de la Anunciación y en los extremos hay dos imágenes que representan al rey David y al rey Salomón.
Quizás lo más llamativo del interior de este santuario sea el exvoto de un galeón que pende del techo de la nave central imitando lo que es habitual en las iglesias de la costa pero infrecuente en un Santuario ubicado en la Galicia del interior y que es fruto de un hecho milagroso que ocurre en el año de 1702 y lo transcrlbimos tal cual viene referido en el libro de Contreras:
“No es menos admirable el suceso siguiente que consta por el testimonio de D. Domingo González y declaración de D. Pedro Centeno, natural de San Juan de la Cuesta de Sanabria. Hallábase éste de Ayudante en la Plaza de Bayona, en el Reyno de Galicia, y su Gobernador le mandó salir en una chalupa el día 23 de septiembre del año de 1702 a reconocer una esquadra que se descubría, y halló eran Navíos de España. Volvían alegres á participar á su xefe la noticia, quando á una legua de la tierra en la Isla que llamaban de las Estilas; se levantó un recio macan, que batiendo la vela de la chalupa, dió un golpe á Don Pedro tan fuerte, que le arrojó al mar, á bastante distancia del buque; invocó en su amparo a nuestra Señora de las Ermitas; y habiendo andado por espacio de tres horas sin saber nadar, fluctuando sobre las olas, separado de la embarcación mas de mi quarto de legua, se halló sin poder decir como fuese tan cerca de ella, que pudieron los Marineros arrojarle la guirindóla á la que pudo asirse, y salió de aquel peligro. A su llegada contaron al Gobernador el suceso, y con su licencia. se partió al Santuario de nuestra Señora de las Ermitas á darle las debidas gracias por el favor recibido.”
